Γεννήθηκε το 1920 στα Κανάλια Καρδίτσας. Η μουσική τον κέρδισε σύντομα, καθώς από τα νεανικά του χρόνια άρχισε να δουλεύει ως μπουζουξής στη Θεσσαλονίκη, στη Λάρισα, στα Τρίκαλα και σε άλλες πόλεις. Το 1944 εγκαταστάθηκε στην Αθήνα και για πρώτη φορά εργάστηκε στο μαγαζί του Γιγουρτόπουλου στον Πειραιά. Το 1958 εμφανίστηκε στο Μενίδι, στου Γκίκα, παρέα με τον Γρηγόρη Μπιθικώτση, τον Μιχάλη Μενιδιάτη, τον Σπύρο Ζαγοραίο και τον Γιώργο Λαύκα.
Δύο χρόνια αργότερα αποφάσισε να συνεργαστεί με τον Δημήτρη Γκούτη κι έτσι άνοιξαν ένα μαγαζί «Στου Μπερέκου» στην οδό Ψαρών (στον Άγιο Παύλο). Όμως, ένα τυχαίο περιστατικό, ένας τραυματισμός του, τον ανάγκασε να αποσυρθεί από τη νύχτα για μεγάλο χρονικό διάστημα.
Στο μεταξύ, άρχισε να καταπιάνεται και με τη σύνθεση, που αποδείχτηκε στην πορεία πως ήταν το μεγάλο του ταλέντο. Κατά τη διάρκεια της μουσικής πορείας του, έγραψε γύρω στα 1.500 τραγούδια, όμως ταλαιπωρήθηκε αρκετά, λόγω των αριστερών πολιτικών του πεποιθήσεων.
Ο πρώτος του δίσκος «Κάποια μάνα αναστενάζει» (σε συνεργασία με τον Βασίλη Τσιτσάνη) το 1948 ήταν για πολύ καιρό απαγορευμένος -φέρεται να σώθηκε από τη φυλάκιση, γιατί ήταν συγγενής του πρωθυπουργού Νικόλαου Πλαστήρα. Η «μάνα» με τη φωνή της Σωτηρίας Μπέλλου έχει μείνει διαχρονική, αλλά έγινε και η αιτία να ψυχραθούν οι σχέσεις του Μπακάλη με τον Τσιτσάνη. Τις διαφορές τους τις έλυσε, αρκετά χρόνια αργότερα, η Δικαιοσύνη.
Από τα πρώτα του τραγούδια ήταν ακόμη το «Για στάσου Χάρε να σου μιλήσω» (1949) σε στίχους Κώστα Βίρβου, «Ο μελλοθάνατος» και η «Πικραγκουριά» (το τραγούδησε ο ίδιος). Στα χρυσά χρόνια του λαϊκού τραγουδιού, ο Μπάμπης Μπακάλης ενέγραψε στη συνείδηση των λαϊκών ανθρώπων και άλλες συνθέσεις του: «Αγωνία», «Αδικημένη μάνα», «Για να μη μας τυραννάνε», «Δεν έχω βγάλει το σχολείο», «Δεν έχω πλούτη να σου χαρίσω», «Δεν με πόνεσε κανείς», «Με ξυπνάς χαράματα», «Έκαψα την καλύβα μου», «Πληγωμένοι κι οι δυο», «Πριν χαράξει θα φύγω», «Συρματοπλέγματα βαριά», «Τα χείλη σου όσα κι αν πουν», «Στο σκαλί το τελευταίο», «Μεσ' τα γλυκοχαράματα», «Ξύπνα καημένε Περικλή» κ.ά.
Ήταν, επίσης, ο δημιουργός που ανέδειξε κάποια μεγάλα αστέρια, δίνοντάς τους το πρώτο σουξέ της καριέρας του, όπως στον Στέλιο Καζαντζίδη το «Θέλω να πεθάνω», στη Γιώτα Λύδια το «Βαδίζει μέσ' στην ερημιά μια μάνα πικραμένη», στην Καίτη Γκρέυ το «Χτύπα καμπάνα θλιβερά τον κόσμο να ξυπνήσεις», στον Αντώνη Ρεπάνη το «Όλος ο κόσμος με μισεί», στον Στράτο Διονυσίου το «Ηλεκτρόφωνο» κ.ά. Τραγούδια του ερμήνευσαν, επίσης, οι Σωτηρία Μπέλλου, Μαρίκα Νίνου, Γρηγόρης Μπιθικώτσης, Βίκυ Μοσχολιού, Πόλυ Πάνου κ.ά.
Πέθανε, σε ηλικία 87 ετών, στις 26 Μαρτίου του 2007.
